UNPO được các nhà lãnh đạo của các phong trào tự quyết, Linnart Mäll của Quốc hội Estonia, Erkin Alptekin của Đông Turkestan, và Lodi Gyari của Tây Tạng, cùng với Michael van Walt van Praag, cố vấn pháp luật quốc tế của Đức Đạt Lai Lạt Ma thứ 14 hình thành lập vào những năm 1980. Những người sáng lập là đại diện của các phong trào quốc gia Estonia, Latvia, Tây Tạng, Tatar Krym, Armenia, Gruzia, Tatarstan, Đông Turkestan, Đông Timor, thổ dân Úc, The Cordillera, người thiểu số Hy Lạp ở Albania, Kurdistan, Palau, Đài Loan và Tây Papua.[7] Một mục tiêu quan trọng của UNPO là, và vẫn là, để tái tạo thành công của thông điệp phi bạo lực của Đức Đạt Lai Lạt Ma thứ 14 và người dân Tây Tạng trước sự áp bức và chiếm đóng.[8][9]

UNPO đặt trụ sở thành lập năm 1991 tại Den Haag ở Hà Lan vì thành phố này trở thành Thành phố Hòa bình và Công lý Quốc tế, và là nơi tổ chức các tòa án quốc tế như ICJ và ICC. Một Quỹ được thành lập ở Hà Lan để cung cấp hỗ trợ thư ký cho Đại hội đồng UNPO và thực hiện các hoạt động nghiên cứu và giáo dục liên quan đến các dân tộc không có đại diện trên toàn thế giới. Quỹ duy trì sự hiện diện thường trực trước Liên minh Châu Âu, Hoa Kỳ và Liên Hợp Quốc. Quỹ được tài trợ bởi sự kết hợp của các thành viên đóng góp, quyên góp từ các cá nhân và các khoản tài trợ dựa trên dự án từ các quỹ khác trên thế giới.